Väčšina probiotických doplnkov obsahuje laktobacily alebo bifidobaktérie, takže ich užívanie zvyšuje produkciu baktérií v tenkom čreve. A to môže byť pre niektorých ľudí problém, pretože zvyšujú množstvo baktérií v tenkom čreve. Preto takéto probiotiká nie sú úplne vhodné pre tých, ktorí trpia napríklad SIBO. Vhodnejšie sú "pôdne probiotiká", napr. s obsahom Bacillus coagulans.